Схоластические проблемы, которые в раннем средневековье представляли достаточно призрачную целостность, в XIII в. стали более комплексными и слитыми. Проблем в раннем средневековье было немного, но много было разнообразных решений, теперь же, напротив, много проблем и ограниченное количество решений. Крупных философских направлений было только несколько: гетеродоксальное направление аверроистов и два правоверных - августиновское и аристотелевскитомистское.
1. Проблемы философской теологии. А) Отношение Бога к миру было главным предметом спора между ортодоксальной и гетеродоксальной философиями: является ли мир продуктом Божественной воли или эманацией Бога? Под влиянием арабов эманационная концепция в XIII в. вновь обрела своих сторонников. Характерными темами дискуссий были также следующие: произошло ли сотворение мира во времени или мир существовал от века? если произошел, то из вечной материи или из ничего? или непосредственно из Бога?
Б) В философскотеологических дискуссиях между правоверными течениями различие исходных положений касалось не столько положений самих по себе, сколько способа их доказательства. В основополагающей проблеме существования Бога космологическое доказательство в XIII в. взяло верх благодаря Альберту и Фоме, а онтологическое не было признано, и отношение к нему разделило схоластов на противоборствующие направления. Что же касалось характеристик Бога, то спорным, прежде всего, был метод их установления, а также вопрос о том, какая из характеристик является Его главной особенностью ("метафизической сущностью Бога"). Наибольшее противоречие имело место между интеллектуалистским пониманием Бога аверроистами и томистами и волюнтаристским пониманием Генриха из Гента и Дунса Скота.
2. Онтологические проблемы наиболее общего характера схоластика поставила только в этот период. Лишь теперь появились проблемы, которые касались понятия бытия как всеобщего, которое включает в себя как Бога, так и творение, а также всеобщие элементы бытия, такие как субстанция и акциденции, сущность и существование, материя и форма. Введение этих понятий, в частности, материи и формы, привело к ряду особых проблем и дискуссий, которые с этого времени стали типичными для схоластики: является ли чистая материя только потенцией? существует ли духовная материя? имеет ли каждая вещь только одну форму или может иметь их несколько? является ли принцип индивидуальности формой или материей, и существуют ли единичные формы или всегда только всеобщие?
В то же время проблема универсалий, которая из всех онтологических проблем больше всего беспокоила предыдущие столетия, нашла в XIII в. благодаря новым онтологическим понятиям такое решение, которое почти всех удовлет• ворило. Номиналистов в тот период схоластики уже не было, и спор, который шел до этого и после этого времени, прекратился в XIII в.
3. Эпистемологические проблемы в XIII в. значительно расширились, кстати подобно психологическим и космологическим, но их набор был обусловлен потребностями геоцентрической системы. К проблемам теории познания стали относить уже те из них, которые свидетельствовали о становлении нового типа христианской философии XIII в. Главным новшеством томизма был эмпиризм, противопоставлявшийся старому августиновскому априоризму.